Tổng công ty hoạt động theo mô hình công ty mẹ - công ty con, trong đó, công ty mẹ - Tổng công ty là Công ty TNHH một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ, hoạt động theo Luật Doanh nghiệp, có tư cách pháp nhân, con dấu, biểu tượng, điều lệ tổ chức và hoạt động; được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và các ngân hàng theo quy định của pháp luật. Tám công ty con (TNHH một thành viên đóng tàu) gồm Phà Rừng, Bạch Ðằng, Hạ Long,  Thịnh Long, Cam Ranh, Sông Cấm, Công nghiệp tàu thủy Sài Gòn, Ðóng tàu và Công nghiệp hàng hải Sài Gòn.

Tại thời điểm thành lập, SBIC có vốn điều lệ 9.520 tỷ đồng, tập trung vào đóng mới tàu thủy, thiết bị và phương tiện nổi; sửa chữa, hoán cải tàu thủy, thiết bị và phương tiện nổi; khai thác cảng biển, cảng thủy,... Vinashin chấm dứt hoạt động kể từ ngày SBIC được cấp Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.